Moderne avlsarbeid har gitt en markant økning i ytelse hos de fleste dyrearter de siste 50 årene. Rådet for dyreetikk er tilfreds med at husdyravlen i Norge ikke ensidig har vektlagt utvalgte produksjonsegenskaper og eksteriøre trekk, men gjennomgående også har inkludert dyrevelferdsmessige forhold som helse og lynne. De største utfordringene innen husdyravl ser man, etter Rådets vurdering, innen fjørfe der dominerende vekt på rask tilvekst har skapt helsemessige problemer. I tillegg er den genetiske variasjonen i populasjonen sterkt redusert på grunn av ensidig utvalg for produktivitet. For enkelte hunderaser vil eksteriørtrekk nedfelt i rasestandarden disponere for helsemessige problemer som en bør arbeide for å unngå i fremtidig avl. For samtlige arter er lynne, evne til tilpasning og mestring viktig, og større vektlegging på slike egenskaper er av stor dyrevelferdsmessig betydning. Dette gjelder spesielt for pelsdyr. Innen avlsarbeidet på svin mener Rådet at morsegenskaper og beinkvalitet bør få økt vektlegging.
Det er viktig at avlsarbeidet sikrer utvikling av robuste og funksjonsfriske dyr med god helse. I tillegg ligger det en klar samfunnsverdi i å opprettholde en stor nok genetisk variasjon til å møte kommende behov for tilpasning av husdyra til fremtidens miljø, klima, produksjonssystem og markedsbehov. Genetisk variasjon (diversitet) er en forutsetning for
tilpasning og sikring av fremtidens matproduksjon. Seleksjon etter kun et fåtall egenskaper medfører tap av genetisk variasjon. Mulighetene for å vektlegge andre egenskaper en gang i fremtiden og å oppnå avlsmessig fremgang for disse, reduseres når den genetiske variasjonen reduseres. For samtlige avlsorganisasjoner bør det være et overordnet mål å holde innavlsgraden så lav som mulig.
Genomisk seleksjon (utvalg basert på bestemte gener eller genmarkører) er en moderne og forenklet avlsmetode som per i dag i liten grad tar hensyn til genetiske sammenhenger mellom egenskapene og påvirkninger fra miljøet. Det vil derfor være en risiko for at et bredt og bærekraftig avlsmål snevres inn ved bruk av genomisk seleksjon, spesielt der det finnes genvarianter innen ett eller få gener som har stor effekt på en økonomisk viktig egenskap. Et viktig forhold i avlsarbeidet vil være å utnytte husdyrenes variasjon i resistens mot ulike sykdommer. Seleksjon basert på lav sykdomsforekomst for å redusere antibiotikaforbruket vil kunne bli svært viktig i fremtiden. Grunnen er at antibiotikaresistente mikroorganismer er et voksende problem i humanmedisinen i mange land. Husdyrbesetninger som produserer uten bruk av antibiotika, og produkter fra slike besetninger, vil kunne bli en ettertraktet merkevare som forsvarer en høyere pris for produktene.